Como forma de compensação ambiental pelo impacto causado pela implantação da UHE Samuel, o Decreto Estadual n° 4.247, de 18 de junho de 1989, instituiu a Unidade de Conservação (UC) Estação Ecológica de Samuel, em atendimento à Resolução Nº 10, de 03 de dezembro de 1987, do Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA), prevendo a conservação de amostras de ecossistemas de áreas que serão inundadas.
A ESEC se destaca pela sua importância para as aves, integrando uma das três Áreas Importantes para a Conservação das Aves no Estado de Rondônia (237 no Brasil) - a IBA (Important Bird Area) Jamari, reconhecida pelos endemismos do interflúvio dos rios Madeira e Tapajós como Capito dayi capitão-de-cinta e Lepidothrix nattereri uirapuru-de-chapéubranco. Outras oito espécies de aves com ocorrência na região e provavelmente encontradas na ESEC Samuel são consideradas ameaçadas de extinção - Tinamus tao azulona, Harpyja harpya gavião-real, Guaruba guarouba ararajuba, Neomorphus geoffroyi jacu-estalo, Pulsatrix perspicillata murucutu, Strix huhula coruja-preta, Pteroglossus bitorquatus araçari-de-nuca-vermelha e Capito dayi capitão-de-cinta.
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